60 - Plusieurs clauses de la GPL imposent au licencié de respecter la libre utilisation du logiciel. Ainsi, l'article 10 stipule que le licencié qui souhaite incorporer des parties du programme dans d'autres programmes libres dont les conditions de distribution sont différentes (exemple), devra écrire à l'auteur pour demander l'autorisation. A priori, la GPL laisse à la discrétion de l'auteur la décision qu'il prendra. Cependant, la Free Software Foundation qui a créé ce contrat-type, semble vouloir encourager les auteurs à adopter ses propres critères d'autorisation en les exposant dans le corps même de la GPL. En effet, l'article 10 énonce que la FSF accepte de manière exceptionnelle que soient ainsi incorporés les logiciels sur lesquels elle est titulaire de droits d'auteur. Sa décision va être guidée par le double objectif de protéger le statut libre de tous les dérivés de ses logiciels libres, et de favoriser le partage et la réutilisation des logiciels en général.
Conformément à l'esprit du contrat et bien que cela ne soit pas dit expressément dans le corps de la licence[107], le licencié qui souhaite incorporer des parties du programme dans d'autres programmes non libres (ou "propriétaires"), devra écrire à l'auteur pour demander son autorisation. Il est probable que l'autorisation ne soit pas accordée en raison des objectifs poursuivis. La FSF propose un autre contrat, la GNU Lesser General Licence qui a succédé en février 1999 à la version 2 de la GNU Library Public Licence. Cette licence permet plus facilement d'incorporer un programme à d'autres programmes soumis à des conditions de distribution différentes.
61 - La FSF comme tous les fervents défendeurs du logiciels libres s'oppose au risque de verrouillage que constitue la brevetabilité du logiciel. En effet, la "réservation" du logiciel par le droit des brevets est admise par la législation de certains états et notamment par celles des Etats-Unis et du Japon. Le législateur français a écarté cette solution par une loi datant de 1968[108] et par la Convention de Munich du 5 octobre 1973 relative à la délivrance de brevets européens. Cependant il existe dans la réalité une pratique de brevetabilité du logiciel[109]. Actuellement, une réflexion est en cours au niveau européen sur la brevetabilité du logiciel. Ainsi, une conférence intergouvernementale au sein de l'Organisation Européenne des Brevets a eu lieu les 24 et 25 juin 1998, à l'issue de laquelle les Etats ont décidé de reporter toute décision à l'occasion d'une deuxième conférence prévue au second semestre de l'année 2000 à Londres[110]. Pour prévenir tout risque de blocage de la libre utilisation du logiciel par le droit des brevets, les auteurs de la GPL ont envisagé l'hypothèse où des sous-distributeurs d'un programme libre obtiennent à titre individuel des licences de brevet, et donc un titre leur conférant un monopole d'exploitation. Afin d'éviter cette situation, la GPL stipule que tous ces brevets doivent faire l'objet d'une concession de licence qui en permette l'utilisation libre par tous. C'est à cette seule condition qu'un brevet peut être déposé.
En utilisant le droit d'auteur, la GPL permet un exercice effectif de la liberté grâce aux obligations réciproques qu'elle impose aux parties. Cependant, la licence ne remplira son rôle que si elle permet d'empêcher que d'autres personnes entravent cette liberté.